波密县位于西藏东部喜玛拉雅山脉与念青唐古拉山脉交汇地带，在川藏公路83与103道班之间。波密藏语为“波窝”，意为祖父。这里属山地丘陵，四周为山地，中部为河谷区。全县面积16578.24平方公里，河谷地带海拔2000米左右，全县平均海拔4200米。主要河流有帕隆藏布河、易贡藏布河，两条河相会于通麦后，流进世界第一大峡谷雅鲁藏布大峡谷的大拐弯处。